Extermínio: O Templo dos Ossos acompanha as histórias de Dr. Kelson (Ralph Fiennes) e Jimmy Crystal (Jack O’Connell), líder de uma seita aterrorizante. Na trama, enquanto Dr. Kelson arca com as consequências de uma relação chocante capaz de despertar uma mudança sem precedentes no mundo em que vivem, o contato de Spike (Alfie Williams) e Jimmy Crystal se torna um pesadelo inescapável. Se antes os infectados eram a maior ameaça para a sobrevivência humana, agora, a insensibilidade e a barbárie tomam conta de maneira brutal.